O direito à autodeterminação não implica apenas o reconhecimento da propriedade coletiva, mas também implica o direito de autogovernar seus territórios, por meio de suas próprias autoridades. O direito à autonomia ou o autogoverno foi expressamente reconhecido pelos Estados Americanos no Artigo XXI da Declaração Americana sobre Povos Indígenas e pela comunidade internacional em geral, no artigo 4º da Declaração da ONU sobre indígenas. O exercício da governança territorial é uma das expressões mais relevantes da autodeterminação indígena e tribal. Isso supõe reconhecimento de sistemas de autogoverno que assumem o controle e a administração do território ancestral ou tradicional.
A Comissão Interamericana considera essencial começar por reconhecer que os sistemas jurídicos dos povos indígenas são absolutamente válidos. Cabe aos Estados reconhecer e respeitar o direito e os sistemas jurídicos desses povos, conforme estabelecido pelos instrumentos internacionais de direitos humanos. Isso é fundamental à luz do direito à autodeterminação, pois é a base das expressões culturais, políticas, sociais e outras dimensões da vida dos povos indígenas.
[Declaración Americana sobre los derechos de los pueblos indígenas, artículo XXII y Declaración ONU sobre pueblos indígenas, artículo 34].